Cuando los conquistadores españoles, dirigidos por Pedro de Valdivia, llegaron a la región del Bío Bíotenían un vago concepto sobre la belicosidad de los indígenas, pero debido a sus experiencias enMéxico y Perú esperaban un pronto y fácil sometimiento por las armas de estos pueblos a la corona y su posterior evangelización.
Sin embargo no fue así; los conquistadores se enfrentaron a los mapuches, quienes plantearon una dura oposición, a la que también se asociarían los Huilliches, Picunches y Cuncos, colocando en los más duros aprietos la conquista y colonización de sus territorios. Los Mapuches previamente ya tenían experiencia reciente en relación a enfrentar a ejércitos extranjeros, ya que se habían enfrentado aproximadamente unos 80 años antes a los ejércitos incas comandados por Túpac Yupanqui en la zona del río Maule en la llamada Batalla del Maule,1 estableciéndose de esta manera los límites delImperio inca en la ribera de este río, a unos 250 km al sur de la actual capital de Chile, zona habitada por los picunches. La larga lucha contra el Tahuantinsuyo dejará su legado, de hecho para la cosmovisión mapuche la llegada de los españoles fue percibida como un nuevo tipo de invasor inca, de ahí el nombre que les pusieron "winkas", el que aún se emplea para los chilenos.
Según varios cronistas españoles y la posterior tradición popular chilena, los mapuches ("gente de la tierra" en idioma mapudungún) no se amedrentaban, luchaban aun en la noche, organizados, aprendían rápido cómo enfrentar a los españoles, y eran un pueblo cohesionado en su espíritu guerrero. Consideraron que el comportamiento del conquistador podía llegar a ser despiadado, ambicioso y cruel con sus enemigos, y que podría mirar al indígena como un ser inferior, invadiendo sus ancestrales tierras y ocupándolos en labores agrarias y pesadas, contraponiendo sus intentos de evangelización a tradiciones. Estos conceptos se resaltan en la obra épica "La Araucana", escrita a principios de la colonia por Alonso de Ercilla.
Estas razones ocasionaron una reñida guerra de guerrillas, sin mostrar un vencedor evidente, pues tan feroz fue la resistencia mapuche que los conquistadores se vieron obligados varias veces a despoblar y a retirarse de las zonas territoriales indígenas. La explicación a comportamientos militares tan distintos está en la geografía, el paisaje de estepa del Valle Central de Chile en la zona de Santiago no permitía la lucha de guerrillas ni se disponía de alimentos en la cordillera para refugiarse ahí. No era la misma situación en la zona austral donde los montes y la selva valdiviana favorecían la lucha guerrillera y hacían difícil el triunfo hispano.
Hubo más de un momento en que la colonización de Chile estuvo a punto de detenerse.
La Guerra de Arauco fue un quebradero de cabeza para los reyes Carlos V, Felipe II, Felipe III, Felipe IV y el Virreinato del Perú, por su irresuelta situación constante en el tiempo, su alto costo pecuniario y de vidas.
Hubo muchos combates en que alternativamente la victoria se pasaba de bando en bando. Asimismo hubo intentos de paz y períodos de paz aparentes seguidos de largos períodos de estado de guerra. Los españoles se convencieron finalmente de que cualquier intento de paz era inútil y que sólo obtendría la victoria por la fuerza.
Las pestes tales como el tifus, la viruela y otras enfermedades, afectaron gravemente a los indígenas, entorpeciendo su participación en la guerra. La guerra se fue desgastando en el último tercio debido al mestizaje entre los ibéricos y mapuches, ya que el indígena se suponía que tenía predilección por las mujeres españolas y los conquistadores españoles no tenían muchas mujeres consigo. En el fondo, los hombres de ambos bandos secuestraban a las mujeres del enemigo. Por eso es que es difícil hallar una "raza" pura o predominante en Chile.
Antecedentes entre españoles y mapuches (1535 - 1546)
Cuando en 1535, Diego de Almagro realizó el reconocimiento del territorio del actual Chile, y llegó al río Itata; tuvo lugar en Reynogüelén el primer enfrentamiento entre los españoles y los mapuches. Debido a la superioridad de las armas y la sorpresa por los caballos (al ver el hombre montado a caballo como si fuera un solo ser), en esta batalla se produjo una fácil victoria española.
Luego, ya iniciado el periodo de la conquista de Chile, con la llegada de Pedro de Valdivia a Chile en 1541, el 11 de septiembre de ese mismo año, el cacique Michimalonco (perteneciente a los Picunches, etnia asociada a los mapuches), fue el gestor de las primeras penurias de los españoles en Chile; al atacar la recién fundada ciudad de Santiago.
Posteriormente en 1544, Pedro de Valdivia envió al capitán Sergio Lecaros Salas a reconocer el litoral sur en los buques San Pedro y Santiaguillo. Zarpó desde Valparaíso y tocó tierra en la bahía de San Pedro, en Concepción; y posteriormente en Valdivia, tierra bautizada en honor del capitán general. Luego volvió a Valparaíso.
Con el objeto de dar seguridad a la ciudad de Santiago, la que antes había sido destruida por el cacique Michimalonco, y también para aumentar el territorio de su jurisdicción, Valdivia resolvió realizar y comandar personalmente una expedición terrestre hacia Arauco; hecho con el cual se da inicio propiamente tal a la llamada "Guerra de Arauco".